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中國科研團隊:新冠病毒已突變,有2個亞型,傳染力有差異

時間:2020-03-04    點擊: 次    來源:馬來西亞中馬研究生中心    作者:佚名 - 小 + 大

新冠病毒是否已經發生突變?如何突變?這是目前學界研究的焦點之一。中國科研團隊最新發現顯示:新冠病毒已于近期產生了149個突變點,并演化出了兩個亞型,分別是L亞型和S亞型。研究發現,在地域分布及人群中的比例,這兩個亞型表現出了很大測差異。其中S型是相對更古老的版本,而L亞型更具侵略性傳染力更強。對不同亞型的深入了解,將有助于新冠肺炎的差異化的治療和防控。

以上研究來自中國科學院主辦的《國家科學評論》(National Science Review)于3月3日發表的論文《關于SARS-CoV-2的起源和持續進化》(On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2)。

論文通訊作者為陸劍研究員(北京大學生命科學學院生物信息中心)、崔杰研究員(中國科學院上海巴斯德研究所)。

論文通過對目前為止最大規模的103個新冠病毒全基因組分子進化分析,發現病毒株已發生了149個突變點,而且多數是近期產生的。該研究揭示:新冠病毒已經演化出L和S兩個亞型。其中101個屬于這兩個亞型。從占比上看,L亞型更為普遍達到70%,S亞型占30%。

論文作者認為,根據新型冠狀病毒的演變方式推測,L亞型和S亞型的傳播能力、致病嚴重程度或許存在較大區別。

論文稱,兩個亞型的區別在于病毒RNA基因組的第28144位點,L亞型是T堿基(對應亮氨酸,Leu),S亞型是C堿基(對應絲氨酸,Ser)

通過與其他冠狀病毒比較,作者發現S型新冠病毒與蝙蝠來源的冠狀病毒在進化樹上更接近,從而得出S型相對更古老的結論。

中國科研團隊:新冠病毒已突變,有2個亞型,傳染力有差異

L亞型在武漢爆發的早期階段更為普遍,而L亞型的發生頻率在2020年1月初后有所下降。作者認為,人為干預可能對L亞型施加了更大的選擇性壓力,如果沒有這些干預,L亞型可能更具侵略性和擴散得更快速。另一方面,由于選擇壓力相對較弱,在進化上較老且攻擊性較小的S型可能在相對頻率上有所增加。這些發現意味著,目前迫切需要結合基因組數據、流行病學數據和2019年冠狀病毒病患者臨床癥狀圖表記錄,進行進一步的全面研究。

另外,值得注意的是,這103個樣本顯示,大部分患者只感染了L亞型或S亞型中的一個。但其中一位近期有過武漢旅行史的美國患者分離出的病毒株,顯示其可能同時感染了L型和S型新冠病毒。不過,作者表示目前還無法排除新突變型的可能性。

延伸閱讀:

速讀!新型冠狀病毒肺炎第七版診療方案解讀來了,新增了這些內容

《新型冠狀病毒肺炎診療方案(試行第七版)》解讀

2020年3月3日國家衛生健康委員會發布了《新型冠狀病毒肺炎診療方案(試行第七版)》(以下簡稱“第七版”),現解讀如下。

一、前言

在前言部分,增加“通過采取一系列預防控制和醫療救治措施,我國境內疫情上升的勢頭得到一定程度的遏制,大多數省份疫情緩解,但境外的發病人數則呈上升態勢。”

“隨著對疾病臨床表現、病理認識的深入和診療經驗的積累,為進一步加強對該病的早診早治,提高治愈率,降低病亡率,最大可能避免醫院感染,同時也要注意境外輸入性病例導致的傳播和擴散。”

二、傳播途徑

增加“由于在糞便及尿中可分離到新型冠狀病毒,應注意糞便及尿對環境污染造成氣溶膠或接觸傳播。”

三、增加“病理改變”

按照大體觀、鏡下觀分別對“肺臟、脾臟及肺門淋巴結、心臟和血管、肝臟和膽囊、腎臟、腦組織、腎上腺、食管、胃和腸管等器官”進行描述。以肺臟和免疫系統損害為主。其他臟器因基礎病不同而不同,多為繼發性損害。

四、臨床表現

(一)增加對孕產婦和兒童的臨床表現描述。如“孕產婦臨床過程與同齡患者接近。”“部分兒童及新生兒病例癥狀可不典型,表現為嘔吐、腹瀉等消化道癥狀或僅表現為精神弱、呼吸急促。”

(二)病原學檢測。刪除“為提高核酸檢測陽性率,建議盡可能留取痰液,實施氣管插管患者采集下呼吸道分泌物”,增加“采用RT-PCR或/和NGS方法”進行核酸檢測,同時強調“檢測下呼吸道標本(痰或氣道抽取物)更加準確。”

(三)增加血清學檢測。新型冠狀病毒特異性IgM抗體多在發病3-5天后陽性,IgG抗體滴度恢復期較急性期有4倍及以上增高。

五、診斷標準

(一)對流行病學史中的“聚集性發病”做出解釋,即“2周內在小范圍如家庭、辦公室、學校班級等場所,出現2例及以上發熱和/或呼吸道癥狀的病例。”

(二)臨床表現中的“淋巴細胞計數減少”修改為“淋巴細胞計數正常或減少”。

(三)確診病例在原有核酸檢測和測序基礎上增加“血清學檢測”作為依據,即“新型冠狀病毒特異性IgM抗體和IgG陽性”或“新型冠狀病毒特異性IgG抗體由陰性轉為陽性或恢復期較急性期4倍及以上升高”也可確診。

六、臨床分型

仍分為“輕型、普通型、重型和危重型”。

重型按照“成人”和“兒童”分別定義。

成人的重型標準沒有變化,增加兒童重型標準:

1.出現氣促(<2月齡,RR≥60次/分;2~12月齡,RR≥50次/分;1~5歲,RR≥40次/分;>5歲,RR≥30次/分),除外發熱和哭鬧的影響;

2.靜息狀態下氧飽和度≤92%;

3.輔助呼吸(呻吟、鼻翼扇動、三凹征),發紺,間歇性呼吸暫停;

4.出現嗜睡、驚厥;

5.拒食或喂養困難,有脫水征。

七、按照成人和兒童分別增加“重型、危重型臨床預警指標”

(一)成人

1.外周血淋巴細胞進行性下降;

2.外周血炎癥因子如IL-6、C-反應蛋白進行性上升;

3.乳酸進行性升高;

4.肺內病變在短期內迅速進展。

(二)兒童

1.呼吸頻率增快;

2.精神反應差、嗜睡;

3.乳酸進行性升高;

4.影像學顯示雙側或多肺葉浸潤、胸腔積液或短期內病變快速進展者;

5.3月齡以下的嬰兒或有基礎疾病(先天性心臟病、支氣管肺發育不良、呼吸道畸形、異常血紅蛋白、重度營養不良等)、有免疫缺陷或低下(長期使用免疫抑制劑)者。

八、增加疑似病例排除標準

疑似病例排除需滿足:連續兩次新型冠狀病毒核酸檢測陰性(采樣時間至少間隔24小時),且發病7天后新型冠狀病毒特異性抗體IgM和IgG仍為陰性。

九、治療

(一)一般治療中的氧療措施,增加“有條件可采用氫氧混合吸入氣(H2/O2 : 66.6%/33.3%)治療。”

(二)抗病毒治療。刪除“洛匹那韋/利托那韋相關腹瀉、惡心、嘔吐、肝功能損害等不良反應”,改為“要注意上述藥物的不良反應、禁忌癥以及與其他藥物的相互作用等問題。”增加“對孕產婦患者的治療應考慮妊娠周數,盡可能選擇對胎兒影響較小的藥物,以及是否終止妊娠后再進行治療的問題,并知情告知。”

(三)重型、危重型病例的治療。

1.根據病理氣道內可見黏液及黏液栓形成,為改善通氣,有創機械通氣增加“根據氣道分泌物情況,選擇密閉式吸痰,必要時行支氣管鏡檢查采取相應治療。”

2.增加“體外膜肺氧合(ECMO)相關指征”:①在FiO2>90%時,氧合指數小于80mmHg,持續3-4小時以上;②氣道平臺壓≥35cmH2O。

3.循環支持調強調“進行無創或有創血流動力學監測,在救治過程中,注意液體平衡策略,避免過量和不足。”

4.增加“腎功能衰竭和腎替代治療”:除了查找腎功能損傷的原因外,對于腎功能衰竭的重癥患者可選擇連續性腎替代治療(CRRT),同時給出治療指征。

5.對重型、危重型患者存在細胞因子風暴的,為清除炎癥因子,阻斷“細胞因子風暴”,增加“血液凈化治療”。

6.增加“托珠單抗”用于免疫治療:適應證為“雙肺廣泛病變者及重型患者,且實驗室檢測IL-6水平升高者”。給出了具體用法、用量,要注意過敏反應,有結核等活動性感染者禁用。

7.其他治療措施中增加“兒童重型、危重型病例可酌情考慮使用靜脈滴注丙種球蛋白。妊娠合并重型或危重型患者應積極終止妊娠,剖腹產為首選。”

(四)中醫治療增加了危重型出現機械通氣伴腹脹便秘或大便不暢,以及人機不同步情況下的中藥使用。

十、“解除隔離標準”改為“出院標準”

(一)出院標準仍為4條,前3條沒變。第4條增加“痰、鼻咽拭子等”呼吸道標本核酸檢測連續兩次陰性,采樣時間至少“間隔1天”,改為“至少間隔24小時”。

(二)出院后注意事項。鑒于有少數出院患者出現核酸檢測復檢陽性的問題,為加強對出院患者的健康管理和隔離,將“應繼續進行14天自我健康狀況監測”改為“應繼續進行14天的隔離管理和健康狀況監測”,同時要求佩戴口罩,有條件的居住在通風良好的單人房間,減少與家人的近距離密切接觸,分餐飲食,做好手衛生,避免外出活動。

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